Les activités de recherche actuelles de Marcel Boyer s’articulent autour des thèmes suivants : valeur de la flexibilité et options réelles; organisations, technologie et concurrence stratégique; information et incertitude; innovation et droit d'auteur. Il est l’auteur de plus de 150 articles scientifiques, rapports publics et cahiers scientifiques et il a donné quelque 210 conférences et séminaires scientifiques à travers le monde.

Ses activités de recherche en organisation industrielle portent sur les droits d’auteur, les normes. Il s'intéresse aussi aux effets de barrières aux échanges internationaux et à l’interprétation économique des règles du droit, en particulier le droit de la concurrence.